La Crocefissione, molto frammentaria, è pur essa costruita su più campi separati. Ciascun personaggio si staglia sopra uno spazio delimitato da linee di contorno, forse per deriva­zione dalle croci lignee, ove i dolenti, più piccoli, campeggiano sull'ampio tabellone. Il Salvatore non è però più nel tipo del "Christus triumphans", ma è già parzialmente calato nella formula del cosiddetto "Christus patiens", con il corpo cioè che fa arco sulla croce, per rappresentare il momento della morte o dell'estrema agonia.  E  qui è bene rammentare che, fin dal 1236, vi era in San Francesco d'Assisi un insigne esempio di "patiens", la grande croce dipinta da Giunta Pisano, poi andata perduta, ma che può venir ricostruita sulla base dell'esemplare più piccolo firmato dallo stesso artista, a mio avviso quasi coevo, oggi conserva­ to  nel piccolo  museo  di Santa Maria degli Angeli.
Comunque solo tale dato iconografico, l'inarcarsi del torso fortemente segnato nelle costole e nel­lo sterno, ci parla, per quel tanto che si può vedere tutt'oggi, di una cultura figurativa neobizantina. Tutto il resto, dalla disposizione dei piedi simmetri­ci e divaricati, inchiodati separata­mente sul suppedaneo, fino alla tipo­logia della Vergine e del Battista, si inserisce nella vecchia tradizione del­le crocefissioni romaniche. Come so­stanzialmente vi aderisce anche un'al­tra Crocefissione, esistente insieme ad una Flagellazione nella chiesa di Pieve Pagliaccia oltre il Tevere, sulle colline che fiancheggiano la strada per il Pic­cione e Gubbio, probabil­mente leggermente posteriore rispetto all'affresco di San Bevignate. Malgra­do vi sia una maggior presa di coscien­za del nuovo modello assisiate, nella più agile cadenza ritmica del corpo, nella presentazione del piede destro visto di profilo (proprio come nel Crocefisso di Santa Maria degli Angeli), nelle tipiche forcelle alle radici dei nasi, la sostanza formale rimane anco­ra romanica. Vedi la scansione metri­ca delle figure laterali che si inserisco­no negli spazi armoniosamente modu­lati dalle braccia del Cristo e della cro­ce stessa sopra il fondo filettato; vedi la costruzione frontale e ritmica, il gioco delle mani, la simmetrica con­versione dei due angeli alla sommità. Mentre inflessioni tipicamente peru­gine si avvertono nella soluzione grafi­ca, nel segno continuo (di cui è agevo­le, credo, riconoscere l'origine miniatoria), nella moderata espressività, che finisce col dare alle figure un at­teggiamento distaccato, pacato, e nep­pure del tutto privo di accenti più o meno scopertamente ironici. Resta, ad ogni buon conto esclusa da tali rap­presentazioni l'incidenza del nuovo, più arrovellato, drammatico linguag­gio del cosiddetto Maestro di San Francesco, il quale evidentemente non aveva ancora fatto la sua appari­zione in quest'area artistica.